当寺の興りは、熊本市にあった養壽院であり、明治45年に現在の場所へ移転しました。

養壽院は、桂林和尚を開山に請い、長年、熊本にて深い信仰を集めたと伝えられています。

昭和15年4月14日には、現在の本堂が落成し、入佛式が執り行われました。

当地に養寿寺が立つ前には、昔からの観音堂があり、そこに祀られていた観世音菩薩像は、現在、脇本尊として安置されています。